La Secretaría General es el órgano ejecutivo de ALIDE, responsable de dar cumplimiento a los acuerdos de la Asamblea General y a las decisiones del Consejo Directivo. Ejecuta el Programa de Trabajo de la asociación, en cooperación con las instituciones miembros. La Secretaría General está a cargo de un secretario general, quien administra la asociación y es su representante legal.